Paysera mokėjimo kortelė apsaugota 3D Secure technologija, kuri kortelės turėtojui suteikia nemokamą papildomą apsaugą atsiskaitant elektroninėse parduotuvėse. Sistema nereikalauja tvirtinti visų atliekamų mokėjimų, o pati nusprendžia, kurios operacijos turi būti patvirtinamos papildomai įvedant el. paštu ar SMS žinute gautą patvirtinimo kodą. Norint naudotis 3D Secure privalumais, nieko papildomai daryti nereikia - programoje automatiškai dalyvauja visi Paysera VISA kortelės naudotojai.